Standar Operasional Prosedur Pelayanan pada kantor Kementerian Agama Kota Salatiga terdiri dari beberapa satuan kerja antara lain sebagai berikut:
1. Subag TU
2. Seksi Bimas Islam
3. Seksi Pendidikan Madrasah
4. Seksi Pendidikan Agama dan Keagamaan Islam
5. Seksi PHU
6. Penyelenggara Zakat Wakaf
7. Penyelenggara Bimas Kristen